Total Commander

[Skif_off]

В настройках соединения есть что-то вроде отправлять команду для поддержания активности соединения, не пробовали?

Не уверен, но, кажется, что-то такое обсуждалось здесь или на оффоруме, попробуйте поискать. В своё время решил отказаться в пользу FileZilla, а встроенный клиент пользую для правки и копирования сравнительно небольших объёмов, поэтому не запомнил, чем закончилось обсуждение.