Total Commander

[sa]

Можно создать (один раз) некое "решето" из тысячи пустых папок, скажем 1…1000.
В этом решете выделить энное количество папок (по числу требуемых пустышек).
Скопировать (F5) в них исходный файл с опцией "Копировать во все выделенные папки/ссылки целевой панели". Затем в решете нажать Ctrl+B, выделить все файлы и перенести их (F6) в нужную папку с опцией "Автоматически переименовывать копируемые файлы".

P.S.
Если автоматическое переименование TC чем-то не устраивает, после Ctrl+B и выделения всех файлов можно дополнительно использовать инструмент группового переименования – в виде шаблона или на лету.