Total Commander

[Tol!k]

значит не вкурили. параллельно они читаются (копируются в память, если угодно)
кусок одного файла, кусок другого, сравнение, следующий кусок одного, следующий кусок другого, сравнение, ...
доступ к диску получается случайный, который в разы медленнее последовательного