Total Commander

[CaptainFlint]

Bender
Проверь, что это именно тот ярлык, который запускается при автозагрузке. А то, может, ты какой-то левый ярлык правишь...

Вообще, не знаю, как там у Sam'а, я провёл следующий эксперимент: установил на чистую машину (Virtual PC) Тотал (оригинальный, без всяких сборок), выставил в нём сворачивание в трей. При установке автоматом был создан ярлык на Рабочем столе - в этом ярлыке я задал запуск в свёрнутом виде. После этого скопировал этот ярлык в папку Пуск - Программы - Автозагрузка и перелогинился. Тотал запустился и автоматом свернулся в трей.

Так что, метод сам по себе рабочий. Осталось только выяснить, чего там намутил Sam в своей сборке, куда конкретно прописывается автозагрузку (честно говоря, я ничего не понял в этом посте: что за ключ Startup User, какой файл, какая программа...), и менять свойства именно того, "автозагрузочного" ярлыка (а если это реализовано без ярлыков, например, через реестр, то удалить соответствующую запись и реализовать самостоятельно через ярлык).