Total Commander

[Avada]

SaDim
Немудрено неправильно понять при таком невнятом изложении (один термин "файлы сравнения" чего стоит!). А задачка-то простенькая. Допустим, вам нужно куда-то скопировать все файлы, имеющиеся после сравнения слева. Оставляете нажатой кнопку-стрелку слева направо, файлы помечаете для копирования направо (справка в помощь), жмёте кнопку "Синхронизировать", но (это самое важное!) целевой каталог указываете в первом поле следующего диалога вместо предлагаемого тот, какой нужно (или просто выбираете, там кнопка есть). Жмёте OK и получаете в отдельном каталоге ваши файлы со структурой. Если то же самое надо справа, повторяете сравнение исходных каталогов, только оставляете нажатой другую кнопку и выбираете другое направление копирования и другой целевой каталог.
А к теме это относится весьма приблизительно — совершенно другая задача. И "дабы не плодить" — классический псевдоним для оффтопа.
_________________
Даже самая богатая фантазия
Не представит себе наши безобразия.