Весьма странно, чтобы тотал создавал какую-то папку, тем более с таким системным именем. По дефолту тотал хранит настройки в профиле пользователя, в зависимости от настроек в реестре (выбранных при установке) может хранить в папке Windows.
Стоит попробовать запустить тотал с явно заданным пустым конфигом:
TOTALCMD.exe /i=%TEMP%\wincmd.ini