Total Commander

[funduk]

2Grug
Тебе по работе разрешено менять имена папок? Если да, то возьми плагин dirsizecalc и в поиске на вкладке "Плагины" выбери его, поле = "Содержит подкаталоги (по запросу)", операция "=", значение "Нет". Найдутся все самые глубокие папки. Выведи их на панель и переименуй скопом так, чтобы ты их потом поиском запросто искал, например, введи маску "Deepest [N]". Всё это делать не надо, если самые вложенные папки и так прекрасно ищутся (хотя, судя по твоему примеру с именами-числами, это не так).

Теперь находи их через нужную маску поиска, выводи на панель, выделяй нужные (можно скриптом, если, например, самых глубоких подпапок всегда десять, а тебе надо копировать только первые и третьи) или запускай второй поиск. Когда получишь в панели ровно те папки, которые надо копировать, заархивируй их в tar (это быстрее, но требует много места) с опцией "Сохранять пути", потом распаковываешь куда-нибудь этот архив, получаешь то, что нужно, но структура папок там будет сохранена от корня.