Total Commander

[aLexx]

То есть, я так понял, надо сравнить только списки файлов, без всякой доп. информации?
Если так, то воспользуйся плюгами CatalоgMaker или DiskDir (DiskDirExtended).
Составляешь два списка файлов и сравниваешь их по содержимому.
Файлы, отсутствующие с какой-либо стороны (а значит, в соответствующем каталоге), сразу будут видны.