Total Commander

[Batya]

1. Используешь команду "Синхронизировать каталоги...".
2. В секции кнопок "Показывать" отжимаешь все, кроме "Не равно".
3. Нажимаешь "Сравнить".
4. Выделяешь все.
5. Выполняешь команду контестного меню "Выделить для копирования ...", выбрав направление из Б в А.
6. Нажимаешь "Синхронизировать".
7. В активной строке "Слева направо" или "Справа налево" указываешь путь к папке С.
8. Нажимаешь ОК.
9. Выделяешь все.
10. Выполняешь команду контестного меню "Выделить для копирования ...", теперь выбрав направление из А в Б.
11. Нажимаешь "Синхронизировать".
12. Ничего не меняя, нажимаешь ОК.

Хотя пунктов много, выполняется очень быстро.