Total Commander

[Pusher]

Я бы предложил повесить синхронизацию каталогов на похожую комбинацию, например alt+shift+f2, а можно даже и на shift+f2, и сохранить в нём настройки которые соответствуют сравнению в текущем каталоге, игнорирую дату, по содержимому. Тогда просто надо привыкнуть запускуть её вместо простого сравнения.
Если немного разобраться в этой самой синхронизации, то можно работать в ней без мыши, что очень удобно (особенно если интерфейс английский)