Total Commander

[GeNtlE]

Да, стандартное окошко, которое вызывается по Alt+Tab — это, конечно, суррогат. Если проблема только в том, что в этом списке наглядно не видно, «сколько шагать» до нужной программы, то могу порекомендовать TaskSwitchXP (скриншоты). Её функционал и не снился стандартному окошку. Плюс ещё красивый внешний вид.

По теме. Два варианта — либо делать все создаваемые окна поверх всех, либо принудительно периодически опускать окно Total Commander.

Первый вариант можно реализовать, например, при помощи PowerPro (или любой другой похожей программы). Там всё хорошо настраивается. Второй… тоже, пожалуй.