Total Commander

[CaptainFlint]

Epicentr
Коннектишься к серверу, выделяешь нужные файлы для закачки их на сервер, жмёшь F5 - появляется диалоговое окно, в котором присутствуют: поле для ввода пути и имени для закачки, галочка "Закачать в фоновом режиме", и галочка "Перевести имена файлов в нижний регистр" (в английском, соответственно, "Upload in background" и "Convert file names to lowercase"). Вот вторую из них надо выключить - тогда регистр имён файлов будет сохраняться.