Total Commander

[Flasher]

Не понимаю, о каком таком менеджере команд ты пишешь. Если это не указанный мной диалог, то на ум приходит только Ultra TC Extended Commands Editor. И в том и другом случае нужно писать все пути ручками или путём копипаста, поэтому не понимаю почему ты исключил возникновение проблемы даже при этом условии.

Причин, как я уже пояснил, с появлением здесь заглавных букв может быть несколько, и на самовольную правку в самом файле конфигурации пинать не обязательно. Может быть связано как с оформлением, так и с желанием видеть эти наименования такими, т.е. речь о замене только первых букв в редакторе, либо правка на стороне, не своя. Всё'ж тебе надо расжёвывать.