Total Commander

[Flasher]

Вряд ли тут вообще на autorun стоит рассчитывать, тут скрипт писать надо, и лучше банально выгружать программы вместе с TC из заранее заготовленного списка, без всяких висюлек в трее. Неподгруженные процессы будут попросту игнорироваться.
По флешке вопрос так решался.