Total Commander

[CaptainFlint]

b01d
При добавлении избранных каталогов можно включать опцию "Сохранить также каталог назначения" - в этом случае будут сохранены каталоги на обеих панелях. Видимо, у тебя произошло именно это. Зайди в диалог настроек избранных каталогов и у нужных пунктов сотри путь в поле "Целевой каталог".