Total Commander

[Rodny]

Flasher
Справка кое-что прояснила. Смотри абзацы, начинающиеся с "pathspec является путем в дереве каталогов".
С опцией "-graft-points" строка с "-path-list %L" прекращает ругаться на каталоги и исправно добавляет их содержимое. Опять же, игнорируя сами каталоги. Но так оно и задумано.
mkisofs не предназначен для выполнения поставленной тобой задачи.

Возможным решением может быть обработка файла-списка в скрипте, и если текущий элемент является каталогом, то добавлять в командную строку параметров типа "каталог 1=каталог 1". Это если я правильно понял работу этой опции.

Или же нужно искать другое средство.