Total Commander

[Flasher]

Список исключений тут не поможет. Видеть ТС может файлы с атрибутом скрытый/системный, а не вообще любые скрытые файлы. Для поимки таких файлов (стелс-вирусов) существует ряд специализированных программ-антируткитов, которые тут уже не единожды упоминались.