А ты с торрентов торрент-клиентом качал что-нибудь? Там ещё хуже с этим (по несколько тысяч фрагментов).
Сжатие для папки назначения включено? Если да, это очень сильно увеличивает фрагментацию (индусы из Микрософта за десять лет так и не решили эту проблему).