Total Commander

[Flasher]

С выбором темы - мимо.
См. справку. Использовать для массового сравнения нужно команду "Синхронизировать каталоги". Та же команда выделяет элементы, либо отличные по имени, либо - по новой дате. Если нужно именно выделять, то используем скрипт.