Total Commander

[saturnaly]

1)можно через поиск задать найти в родительском каталоге файлы по маске или просто *.* потом кинуть их на панель, выделить все и копировать в нужную папку, поскольку я понял имена одинаковые DIR1\ file1 file 2 DIR2\ file1 file 2 то при копировании спросит перезаписать присвоить новое имя автоматически, поставь новым файлам присвоить автоматом в принципе он будет добавлять или нули или буквы короче в дальнейшем можно будет по общим признакам разобрать.

2) Есть ещё вариант, если редактировать собираешься в шопе то там есть скрипт Load files into stack - ставишь Folder и жамкаешь он все файлы с подкаталогами начнет грузить, если очень много временно выкинь несколько подкаталогов, потом обработанные удалишь а эти туда кинешь
в этом случае просто в коце процедуры жмешь SAVE и он остался на том самом месте, я например пишу скрипты для простых и однообразных операций, запускаешь его и пошель пить чай с водкой.