Total Commander

[Mellomann]

Если файлы различаются по содержимому при сравнении по содержимому, значит они действительно различаются по содержимому. Кэп!

А вообще, нужно давать полный игнор на даты, и сравнивать только по содержимому. Если после этого вылазят нестыковки - это результат ошибки при копировании. Файлы же точно должны быть дубликатами?