Total Commander

[Avada]

odiart
Вот именно, что это форум о Total Commander. А подфорум "Общие вопросы" — о работе программы как таковой. Но ваша-то проблема в представленном виде с какой стороны относится к этой работе? При чём тут "через"? Это, насколько понимаю, не внутренние ассоциации TC, не правка и не внешний/внутренний просмотр. К тому же собственного встроенного редактора TXT-файлов в TC вообще нет. Следовательно, в настройках TC ваше открытие файла в Блокноте, скорее всего, даже просто никак не отражено. Совсем никак.
Задумайтесь над простым вопросом: если вы откроете тот же текстовый файл по системной ассоциации в том редакторе в таком же непотребном виде через Проводник, виноват будет теперь уже он? Это же несерьёзно. А что и где испорило вам содержимое файла, выяснять надо явно не здесь, причём с предоставлением точных данных, а не в общем виде. Включая и указание того, какой же теперь стала кодировка.
На дополнительный вопрос (если речь, повторяю, касается системных ассоциаций) ответ однозначный: нет, не может влиять. Даже если вы эту файловую ассоциацию изменяли через интерфейс TC (в чём сильно сомневаюсь — она стандартная).
_________________
Даже самая богатая фантазия
Не представит себе наши безобразия.