Total Commander

[Avada]

LabCoat
А более вразумительно никак нельзя было всё это изложить? Начнём с того, что "ярлык" в нормальном значении этого термина — это LNK-файл и ничего более. Речь про них? Если да, показ в TC ярлыков со значками HTM я могу представить только в случае, когда это и есть ярлыки на HTM-файлы. В Проводнике с ними что?
Тотal Commander настроен самостоятельно или это чужая сборка (где может быть понакручено что угодно как угодно)? Версия и битность TC и системы какие?
"Показывать системные файлы" — это показ объектов с атрибутом "системный". Любых. При чём тут именно ярлыки и откуда бы у вас могли взяться ярлыки с этим атрибутом?
Как работают ярлыки с неправильно отображаемыми значками? И что значит "не хотят отображаться"? Вообще нет этих файлов в TC, а Проводнике они есть? И примеры неотображаемых и неправильных ярлыков всячески приветствуются. На что они указывают?
Давайте нормальную конкретику, в нынешнем виде обсуждать что-либо сложно.
_________________
Даже самая богатая фантазия
Не представит себе наши безобразия.