Total Commander

[LabCoat]

Про системные файлы упомянул потому, что похожие проблемы тут часто советуют решать подобном образом.
Да, речь про lnk файлы.
Да, настраивал сам, хотя это громко сказано. Из настроек — несколько плагинов (один архиваторный и несколько для предосмотра картинок и файлов), и по мелочи: игрался с размером значков, включил кнопки дисков.
Все неотображаемые файлы в формате lnk, указывают на экзешники программ. Они не отображаются в файловых панелях и, как оказалось, проводник их тоже почему-то не видит.

Со странными htm ярлыками я разобрался, они, оказывается, почему-то в формате url.