Total Commander

[Avada]

Hedin
Раз уж вы зачем-то решили поднять эту старинную тему, следует кое-что уточнить. Значки пользовательских команд после правки главного меню могут оказаться другими, потому что коды таких команд жёстко определяются порядком их следования в нём. Изменение этого порядка вручную (добавление, удаление, перестановка) приведёт к изменению кодов команд ниже места правки, а значит и перемещению сопоставленных прежним кодам значков в другие пункты. Это давно известно и прямым текстом сказано на первой же странице темы. Первая ваша проблема — отсюда же, вторая на самом деле не имеет к значкам отношения. Дублирование em-команды в меню само по себе отображению значков не мешает, если правильно прописывать вручную соответствия. (Хотя в норме никакие дубли там просто не нужны.) А одноимённых em-команд в totalcmd.inc быть вообще не должно безотносительно к значкам. (Через диалог "Выбор команды" вы их и создать не сможете.)

И пользуюсь случаем заметить, что цивилизованная правка главного меню с корректным автоматическим переназначением значков пользовательским командам, не требующим никаких дополнительных усилий, организована в Main Menu Editor из пакета Ultra TC Editors 6.40 и выше, если все изменения меню совершаются в самой программе. Кстати, там особо отмечаются команды, уже имеющиеся в меню, что снижает вероятность добавить их туда по второму разу. И дубли юзер-команд вы там при всём желании не создадите, будет автопереименование по счётчику. И даже коды входящих в меню пользовательских команд (для INC-файла) после некоторого изменения настроек отображать можно. Читайте русскую справку пакета, там всё написано.

Кстати, заодно уж: высказаное когда-то на этой же странице мнение, что автозапуск какой-то em-команды через специальный WDX-плагин якобы сбивает коды содержащихся в меню юзер-команд, практикой не подтверждается. (С помощью TWinKey и Main Menu Editor это проверяется элементарно.)
_________________
Даже самая богатая фантазия
Не представит себе наши безобразия.