Total Commander

[Skif_off]

Creeps
По волне звука будет не сильно точно, чтобы точно - побайтовое сравнение или по контрольным суммам (не sha1 и не md5, на большом количестве мелких файлов запросто облажаются).

Из сторонних программ NoClone ничего так, только убедитесь, что в настройках включено побайтовое сравнение (byte-to-byte или что-то вроде того).
В ТС тоже есть поиск дубликатов, выберите вариант по полю плагинов и плагин LotsOfHashes, алгоритм - sha-2 или sha-3, длина 256.