Total Commander

[little-brother]

Дело в том, что данная pragma хранится в базе, в отличии от многих других, т.е. плагин конечно может подключиться к базе, перевести ее в режим delete, а потом при отключении в режим wal, но это не очень хорошо, т.к. при этом меняется файл базы.
Удалять файлы плагин то ж не должен, т.к. если у вас они были до этого, то возможно в них содержится информация, которая не была перенесена в основной файл базы.

Посмотрел свой плагин - он не создает данные файлы. Похоже SQLiteViewer открывает базу в режиме не только чтение (SQLITE_OPEN_READONLY), а в режиме по умолчанию (чтение-запись), потому файлы журнала и создаются.