Total Commander

[sa]

pluw3r
Если без скрипта.
В одной панели разместить исходный каталог, в другой – каталог назначения.
Находясь в исходном каталоге, нажать Ctrl+B, Ctrl+A, F5 или F6. В диалоге в верхнем поле заменить *.* на *.jpeg, в поле "Только файлы типа:" указать *.gif (указание требуется только при наличии в исходном каталоге файлов, отличных от gif ), выставить галку "Сохранять пути относительно текущего каталога" и нажать OK с последующим подтверждением перезаписи.
Пробовать на ненужных данных.
P.S. Предполагается, что структура папок слева и справа одинаковая.