Total Commander

[sa]

Чтобы не копировалась структура пустых папок, можно в исходной папке перейти в плоский режим (Ctrl+B), а затем копировать предлагавшимся способом, но с галкой "Сохранять пути относительно текущего каталога". Правда, даты папок в этом случае изменятся на текущие.