Total Commander

[sa]

Можно командой LOADLIST загрузить в панель список из текстового файла, где они уже должны быть расположены в нужном порядке.
Затем в панели выделить всё и отправить через %WL батнику.
Хотя это, наверное, не просто и не удобно...
Список можно получить через редактор в инструменте группового переименования (ИГП). В самом ИГП можно сортировать файлы в произвольном порядке.
В поле <Список файлов> отдельные элементы могут быть перемещены вверх/вниз с помощью Drag&Drop или клавиш Shift+стрелки.