Total Commander

[Monarch-LFV]

Я бы в текстовом файле сделал бы сортировку по длине строки от большего к меньшему, ведь явно файлы в поддиректориях будут длиннее своих родительских папок. Это можно сделать, прогнав через тот же эксель. И этот список скормить уже тоталу для переименования. В начале будут обрабатываться файлы в длинных путях, а потом папки (вперемешку с файлами в короткими путями), но коллизий не должно быть.
Еще как вариант, если у папок в конце слеш стоит, то также через эксель сделать сортировку в начале по длине строки, а потом так, чтобы все папки очутились внизу списка. И также скормить тоталу.