Total Commander

[CaptainFlint]

Про фоновый режим Гислера давно уже достают; он пока говорит, что есть проблемы с этим делом, из-за того, что многие операции не потокобезопасные (например, работа с плагинами, работа с FTP).

Сохранять список файлов можно. Для этого выведи файлы на панель, нажми Ctrl+A или Ctrl+Num +, и выбери команду "Сохранить выделение в файл". Либо можешь воспользоваться любым из плагинов, создающим временную панель в Тотале. Их как минимум 4 штуки есть...

Отображение найденного текста сразу... Гм, а как ты это себе представляешь? Жми на файле F3 для просмотра, а потом уже в окне просмотрщика ещё раз F3 - он тебе сразу же покажет первое вхождение текста. Куда уж проще? Сразу перескакивать на найденную позицию нехорошо: мне, например, частенько нужен не сам текст, а весь файл, в котором этот текст был; автоматическое перескакивание к найденному тексту будет только мешать.

С кодировками и в самом деле туговато... Тут ничего не могу посоветовать. Разве что дождаться, пока кто-то напишет информационный плагин для поиска текста в разных кодировках. Кстати, этот же плагин может не иметь ограничения на однострочность. Сделай плагин-реквест, авось кто-то да возьмётся.