Total Commander

[Митяй]

Можно отредактировать палитру с помощью Imagine. Но это будет работать только для иконок с BPP<=256, для других цвета изменятся.
Конечно с частичной прозрачностью можно будет распрощаться. И если в иконке будут цвета, совпадающие с цветом фона, то они тоже поменяются.