Total Commander

[Batya]

Можно в качестве посредника использовать утилиту NtfsLinks.
Сначала копируешь куда-нибудь жесткие ссылки на все файлы (глубину рекурсии при этом можно поставить "-1"). Операция должна выполнится быстро, т.к. файлы не копируются, а создаются жесткие ссылки на них, создаются только каталоги (при глубине рекурсии "-1").
Затем в этом каталоге (где получил жесткие ссылки) включаешь режим отображения всех файлов - Ctrl+B.
Потом с помощью фильтра удаляешь то, что тебе НЕ нужно для копирования.
Ну и наконец, выключив режим Ctrl+B, обычным образом копируешь то, что осталось туда, куда тебе надо, не забыв установить галочку "копировать с правами доступа".
В конце можешь удалить жесткие ссылки, которые сделал ранее. Только удаляй их из TotalCmd - автор NtfsLinks предупреждал, что Explorer некорректно работает с жесткими ссылками, а TotalCmd - корректно.