Total Commander

[Maximus]

А откуда бат-файл интересно должен узнать, что это именно ТС должен сменить у себя текущую папку?
И откуда ТС может узнать, что то, что делает бат-файл касается его?
Когда выполняется команда cd в ТС, то выполняется его внутренняя команда, а когда из cmd, то выполняется соответственно не внутренняя команда ТС.

Если в ТС выставлен запрет одновременного запуска нескольких копий, то проблему можно решить ключами /L и /R командной строки ТС. Например таким бат-файлом: