Total Commander

[xblp]

Нет, не должна зацикливаться. Но можно исключить обработку .rar-файлов через ключ -x:
/c for /R "%P" %%i in (*.*) do @rar a -ep1 -x*.rar -m5 "%%i.rar" "%%i"

Будут создаваться отдельные архивы для всех файлов в активной панели, откуда было это запущено, включая вложенные директории.
Чтобы реализовать подобное для нескольких выделенных папок, а не текущей, надо что-то делать с %L в цикле.