Total Commander

[Samwatas]

Это все решаемо (и без %COMMANDER_EXE%)
Пока что неизвестно, устроит ли АвтоИт автора (и будет ли он писать сам, или ему потребуется помощь Автоитчиков), так что не стоит пока гнать лошадей.
Лично я бы на месте автора, если бы решил использовать Автоит, переписал бы всю логику на нем, избавившись от остальных батников и скриптов (так, что остался бы один откомпилированный скрипт, выполняющий всю необходимую работу).
Так что я предлагаю сперва дождаться ответа автора, а потом уже думать как это реализовать.