Total Commander

[Flasher]

Можно написать цикл для cmd с перебором строк из этого файла и запуском reg delete, можно VB-скрипт c тем же циклом и WSH.RegDelete.
Это если учитывать упомянутый минимализм и отсутствие иного функционала, а так есть и другие средства.